Kıbrıs sorunu rejimin farklı güçlerini karşı karşıya getirdi. Hükümetin AB komisyonuna ilettiği Kıbrıs ile ilgili öneri, faşist diktatörlüğün farklı güçlerinin bir kez daha karşı karşıya gelmelerine ve Türkiye'nin geleceğine nasıl baktıklarını açıklamalarına vesile oldu.

Gerek Genelkurmay Başkanı Y. Büyükanıt ve gerekse de Cumhurbaşkanı A. N. Sezer, hükümetin kendilerine sormadan bir havalimanı ve bir limanı Kıbrıs'ın Rum kesiminin kullanımına açacağını AB komisyonuna bildirmesine çok içerlemiş olmalılar ki, olayın duyulmasından hemen sonra arka arkaya açıklamalar yaptılar. Genelkurmay başkanı, durumu "televizyonda öğrendim" derken, Cumhurbaşkanı da "beni ne doğrudan ne de dolaylı olarak bilgilendirdiler" dedi. Sonrası malum. Medya üzerinden "bilgilendirmek zorunda mıyız, bilgilendirdik, bilgilendirmediniz" atışları sürdürüldü.

AB dönem Başkanlığı sözcüsünün Türkiye'nin önerisini açıkladığı gün (14 Aralık 2006) Çankaya Köşkünde "Milli Komite" toplantısı vesilesiyle Cumhurbaşkanı ve Genelkurmay Başkanıyla bir araya gelen Başbakanın bu konuda diğerlerini bilgilendirmemesi, Türkiye için hayati öneme sahip konularda da olsa politikayı hükümet olarak biz belirleriz, görüşlerinizi almak zorunda değiliz mesajı vermekten başka bir anlam taşımıyordu. Önemli olan da bu mesajın verilmesi durumunda alınacak tepkiydi. Gerek Cumhurbaşkanı ve gerekse de Genelkurmay Başkanı kendilerinden beklenen tepkiyi göstermekte gecikmediler. Bilgilendirmeme ve tepki, artık kartların açık oynandığını göstermektedir. Devletin tepesindeki bu üç kurum arasındaki ilişkiler neredeyse sıfır noktasına varmış durumda. Bir taraftan Cumhurbaşkanlığı ve Genelkurmay Başkanlığı, diğer taraftan da Başbakanlık ve Meclis başkanlığı saflaşması Cumhurbaşkanı seçimine kadar derinleşerek devam etme özelliği taşımaktadır.

Çankaya savaşları, Kıbrıs sorunu vesile edilerek başlatıldı. AKP ve TÜSİAD, Kıbrıs'ta AB'nin dayattığı tavizi vererek, güya ‘büyük' çıkar elde edileceği, yani AB üyeliği önündeki en büyük engelin ortadan kalkacağı anlayışındalar. Bunun karşısında yer alan ordu (buna Cumhurbaşkanı ve CHP de dahil), Kıbrıs'ın bir "ulusal" sorun olduğu, Türkiye açısından stratejik önemi olduğu görüşünden hareket ederek hükümetin ve TÜSİAD'ın politikasına şiddetle karşı geliyor. Rejim içi bu çatışma, Cumhurbaşkanlığı seçimine uzanan sürecin belli bir aşamasıdır. Nisan 2007'de yapılacak Cumhurbaşkanı seçimine taraflar daha şimdiden hazırlanıyorlar. Ordu, Cumhurbaşkanı ve "cumhuriyetin koruyucusu" olduklarını savunan başka güçler, AKP'den bir Cumhurbaşkanını rejimin geleceği bakımından tehlikeli görüyorlar. Gerçi Cumhurbaşkanlığı burjuvazinin politika belirlemesinde belirleyici olan bir kurum değildir, ama onun sembolik değeri Kemalistler açısından oldukça önemlidir. Bu nedenle Cumhurbaşkanlığının da elden gitmesini, rejimin temellerinin sarsılması olarak değerlendiriyorlar. Bu nedenledir ki, uzun bir zamandan bu yana şimdiki Başbakanın Cumhurbaşkanlığı için aday olmaması gerektiği söyleniyor ve bu gelişmenin engellenmesi için Cumhurbaşkanı Sezer, erken seçim bile önerebiliyor. Bütün bu gelişmeler, söz düellosu, tehditler, rejimin güçlerinin Cumhurbaşkanlığı seçimine odaklandığını ve bu seçimin rejimin güçleri arasındaki güç dengesini yeniden belirleyeceğini göstermektedir. Türkiye'nin geleceğinden kendini sorumlu gören ordu, kendi konumunu zayıflatacak, politik karar verme mekanizmasından uzaklaştıracak, "cumhuriyetin temellerine yönelik" gelişmelere karşı koymak için yeni bir "ince ayar" yapacağını her fırsatta dillendirmektedir. 28 Şubat 1996'da Erbakan-Çiller hükümetini istifaya zorlayan, gitmezseniz tankları yürütürüz diyerek tehdit eden ve istediği sonucu alan ordu, şimdi de aynı yönde hareket edeceğini çok belli etmektedir. Bu "it dalaşı"nda ordunun yegane silahı, "laik cumhuriyet"tir, neredeyse her politik açılımın "milli dava" olmasıdır.
Rejim içi güçlerin saflaşması oldukça net.